口袋妖怪火红版中共有7种秘传技能，分别是：一字斩（HM01）、飞天（HM02）、冲浪（HM03）、怪力（HM04）、闪光（HM05）、碎岩（HM06）和攀瀑（HM07）。这些技能不仅是推进剧情的必备工具，还能帮助玩家探索隐藏区域或解锁新的地图路径。需火红版并未包含潜水技能，因此部分水域探索会受到限制。
一字斩是玩家最早接触的秘传技能，通常由圣安奴号的船长赠送。该技能用于清除挡路的小树，是前往枯叶市道馆的关键。飞天的获取位置在彩虹市左侧，允许玩家快速返回已访问的城镇，大幅提升移动效率。冲浪则需要在野生原野区获得，既能用于水上移动，也是战斗中强力的水系攻击技能。怪力的获取方式较为特殊，玩家需在浅红市的狩猎区找到园长的假牙并归还，之后才能习得，主要用于推动巨石以解开地形谜题。
闪光和碎岩的实用性相对较低，但仍是通关必备。闪光在黑暗洞穴中提供照明效果，通常由博士助手在玩家收服10种宝可梦后赠送。碎岩则在一之岛的温泉区域由一位老人教授，可破坏特定岩石结构。攀瀑作为后期技能，位于四之岛的洞窟内，用于攀登瀑布地形。这些技能的分布设计体现了游戏对探索节奏的控制，玩家需按特定顺序解锁才能逐步深入剧情。
秘传技能的另一个特点是无法通过常规方式遗忘，必须借助特定NPC的帮助。在浅红市的精灵中心左侧房间内，一名NPC提供技能遗忘服务，玩家可在此调整队伍配置。这一机制增加了技能管理的策略性，尤其在后期队伍成型时，需谨慎分配技能栏位以避免重复或冲突。
秘传技能系统是火红版的核心玩法之一，将战斗、解谜与地图探索紧密结合。尽管部分技能在战斗中表现平庸，但其功能性不可替代。玩家需合理规划获取顺序和使用时机，才能高效完成全图鉴收集与主线剧情推进。
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